Riegan el municipio los ríos: Aquiquisquillo, San Antonio, Malluapa, Teshcal, Miquera, El Nacimiento, La Shila o Chinihuila, Chanseñora, y las quebradas: La Ceiba, La Serena, El Cubo, El Chucho, Honda, El Tintero, Rancho Quemado, Los Novillos, La Canoa, El Copinol, Talpetatera, Los cubos y El Pepeto.

• AQUIQUISQUILLO. Se forma con la confluencia de las quebradas talpetatera, del Muñeco y El Cajón, 4.0 kms. Al norte del pueblo de San José Villanueva y sirve de limite entre este municipio y el de Huizucar. La longitud del río en la parte que riega esta jurisdicción es de 12.6 kms.
• SAN ANTONIO. Nace a 7.5 kms al norte del pueblo de San José Villanueva y sirve de limite entre este municipio y los de Nueva San Salvador y Zaragoza. La longitud del río en la parte que riega el municipio es de 14.25 kms.
• MULLUAPA. Nace a 7.5 km. Al noreste del pueblo y su longitud es de 5.8 km.
• TESHCAL. Nace de la afluencia de los Mayuapan y El Nacimiento y sirve de límite entre este municipio y de La Libertad. Su longitud es de 4.25 km.
• MIQUERA. Surge de las quebradas el cubo y serena a 2.4 km. Al sur del pueblo y desemboca en el río Teshcal, su alcance de riego es de 5 km.

Como parte de la orografía del municipio, podemos citar

• los Cerros: Los Cerritos.
• Las Lomas: El Salamo, El Tintero, La Entrada y La Piedra Pintada.
• Los Cerritos: Situado a 6.3 Kms. Al sur del pueblo de San José Villanueva. Elevación de 195m.

Por la cuenca del Jute discurren dos ríos paralelos, El Jute y, algo más al este, el San Antonio, cuyo nacimiento tiene lugar en las inmediaciones del núcleo urbano de Nuevo Cuscatlán. En ambos ríos el drenaje es de tipo paralelo, con longitudes aproximadas de 13 y 20 Km respectivamente. La superficie de la cuenca es de 44,14 Km2, y el perímetro de 58,71 Km. El punto más alto de la cuenca se sitúa en el noroeste, con 1.085m (conocido como La Gloria).